Howtosignalprocessing
- Wie normalisieren Sie die Genexpressionsdaten??
- Welche RNA muss vor der Durchführung von RNA SEQ aus einer Probe entfernt werden?
- Wie normalisieren Sie RPKM?
Wie normalisieren Sie die Genexpressionsdaten??
Die Normalisierung wird erreicht, indem Expressionswerte durch die Gesamtintensität geteilt werden (i.e., die Summe aller Expressionswerte des angegebenen Arrays. Zentralisierung11 Angenommen, dass die Regulierung gut benommen ist, ich.e., Die meisten Gene sind nicht signifikant reguliert oder über die gleiche Anzahl von Genen sind hoch- und herunterreguliert.
Welche RNA muss vor der Durchführung von RNA SEQ aus einer Probe entfernt werden?
Die ribosomale RNA (rRNA) ist die am häufigsten vorkommende Komponente der gesamten RNA, die aus tierischen oder menschlichen Zellen und Geweben isoliert ist und die Mehrheit umfasst (die Mehrheit (>80% bis 90%) der Moleküle in einer Gesamt -RNA -Probe7. Um eine effiziente Transkript-/Gen -Nachweis zu ermöglichen, müssen hoch reichlich vorhandene RRNAs vor der Sequenzierung aus der Gesamt -RNA entfernt werden.
Wie normalisieren Sie RPKM?
So tun Sie es für RPKM: Zählen Sie die Gesamtlesungen in einer Stichprobe und teilen. Teilen Sie die Lesezählungen durch den Skalierungsfaktor „pro Million“. Dies normalisiert sich für die Sequenzierungstiefe und gibt Ihnen Lesevorgänge pro Million (U / min)
