UMAP RNA-seq

1. Was ist UMAP in RNA SEQ?
2. Worum wird UMAP verwendet??
3. Welches ist besser umap oder t-sne?
4. Warum ist UMAP besser als PCA??

Was ist UMAP in RNA SEQ?

Die von McInnes et al. Vorgeschlagene Verteiler -Annäherung und -projektion (UMAP) ist eine Dimensionsreduktionstechnik, die vorgeschlagen wurde. (2018) (siehe zugehöriges Papier).

Worum wird UMAP verwendet??

UMAP ist ein Algorithmus für die Reduzierung der Dimension, die auf vielfältigen Lerntechniken und Ideen aus der topologischen Datenanalyse basiert. Es bietet einen sehr allgemeinen Rahmen für die Annäherung an vielfältige Lern- und Dimensionsreduzierung, kann aber auch spezifische konkrete Realisierungen liefern.

Welches ist besser umap oder t-sne?

Dank der Lösung beim Aufbau des hochdimensionalen Diagramms spart UMAP theoretisch mehr Zeit und Berechnungskosten als T-Sne. Es wird berichtet, dass die Reduzierung eines Datensatzes von 784-D bis 3-D nur 3 Minuten dauerte, während T-Sne 45 dauerte!

Warum ist UMAP besser als PCA??

UMAP übertraf T-Sne und PCA. Wenn wir uns das 2D- und 3D-Diagramm ansehen, können wir Mini-Cluster sehen, die gut getrennt werden. Es ist sehr effektiv, um Cluster oder Gruppen von Datenpunkten und deren relative Nähe zu visualisieren.